中国煤炭经济研究会前不久完成的对神华集团、中煤能源集团等13家国有及国有控股大型煤炭企业集团一个专项调查显示，2006年以来，大型煤炭企业集团整体税收负担逐年加重，其中煤炭产品税收和行政性费用大幅增加，非煤产业税收负担有所减轻。
根据调查分析，大型煤炭企业集团煤炭产品税费负担过重的具体原因有三：一是煤炭增值税抵扣范围太窄、转型不到位，增值税税负高；二是煤炭企业成本核算不完整，部分隐性成本没有被及时纳入成本，导致企业利润虚高，企业所得税负担较重；三是煤炭行业税费交织，设计不合理，有些项目重复征收。如何使煤企税费水平更科学合理，上述三方面主要问题尚待破解。
2006年至2009年，被调查企业的销售收入总额增幅为116.46％，而纳税总额增幅为135.77％，纳税增幅超过销售收入增幅19.31个百分点。煤炭企业整体税收负担逐年加重，由2006年的12.71％提高到2009年的13.84％，提高了1.13个百分点。2006年至2009年，被调查企业整体税负年平均为13.45％；而2004年至2006年，中国煤炭经济研究会调查的22家国有及国有控股大型煤炭企业集团年平均税负为11.51％。虽然两次被调查企业的数量和对象有差异，但主要和基本样本相同，可以看出，煤炭企业整体税收负担呈现加重趋势。
调查显示，煤炭产品税收和行政性费用近几年均大幅增加。2006年以来，被调查企业煤炭产品销售收入快速增加，2009年比2006年增长79.38％。但其向国家缴纳税款的增幅更大，2009年比2006年增长152.07％。企业煤炭产品平均税负由2006年的13.9％提高到2009年的19.64％。
据分析，近两年煤炭产品税负提高较快，主要原因是增值税转型不到位和煤炭资源税增收标准提高。
2009年以前，煤炭企业实行生产型增值税，税率为13％，不予抵扣固定资产（机械设备）所含的增值税。自2009年1月1日起，国家全面实行增值税转型，实行消费型增值税，固定资产进项税准予抵扣，煤炭行业的增值税税率提高到17％。由于煤炭生产没有原材料消耗，因此可抵扣的购进额仅占产品销售收入的20％左右，远低于一般工业产品70％左右的比率，致使煤炭企业不但不能在本轮增值税转型中获益，负担反而进一步加重。
煤炭资源税方面，国家统计局资料显示，2005年全国征收煤炭资源税38.12亿元，平均每吨原煤负担资源税1.77元。而此次对13家大型煤炭企业集团的调查显示，2008年和2009年平均每吨原煤担负的资源税分别为2.79元和3.42元。
2007年《煤炭企业税费制度改革研究》资料显示，2006年大型煤炭企业行政性费用负担平均水平为5.16％，本次调研测算的2009年大型煤炭企业集团行政性费用负担平均水平为10.65％，比2006年增加了1倍多。
行政性费用主要包括三大类。一是国务院批准的政府性基金，主要包括铁路建设基金及铁路建设附加费、港口建设费、煤炭价格调节基金、煤炭可持续发展基金。二是煤炭资源类收费，主要包括矿产资源补偿费、矿业权使用费、矿业权价款和水资源费。三是环境类收费，对煤炭企业影响较大的主要是矿山环境治理恢复保证金、煤矸石排放费、矿井水排放费。
煤炭产品行政性费用负担各地区差别很大。山西煤炭产品行政性费用负担最重，内蒙古、陕西、宁夏较重，山东、安徽、江苏、河北较轻。
调查发现，煤炭企业所得税在近几年没有明显变化，与上一阶段持平。营业税、教育费附加等其他一些税费逐年增加。
而被调查企业2006年至2009年非煤产业平均税负逐年下降，由2006年的13.05％下降到2009年的4.76％，降幅为63.52％。